Seutuyhteistyön hankkeiden valmisteluun ja päätöksentekoon osallistuu sekä jäsenkuntien luottamushenkilöitä että virkamiehiä.
Ylintä päätösvaltaa kuntayhtymässä käyttää yhtymäkokous, joka mm. valitsee seutuhallituksen jäsenet sekä hyväksyy seutuyhteistyön talousarvion.
Seutuhallituksen tehtävänä on käynnistää yhteistyöhankkeita sekä tehdä esityksiä jäsenkunnille seudullisten ratkaisuista. Seutuhallituksessa on 13 kuntien johtavista luottamushenkilöistä valittua jäsentä. Toimikausi on neljä vuotta. Seutuhallituksen puheenjohtaja on pormestari Timo P. Nieminen.
Seutuhallituksen työvaliokuntana toimii kuntajohtajakokous, joka omalta osaltaan edistää asioiden käsittelyä jäsenkunnissa ja osallistuu valmisteluun. Sitä johtaa johtaja Juha Yli-Rajala.
Asioiden ensimmäinen selvitys ja valmistelu tehdään seututyöryhmissä, jotka seutuhallitus on nimennyt jäsenkuntien asiantuntijoista.
Valmistelun organisoinnista ja päätösten toimeenpanosta vastaa seutuyksikkö. Sen henkilöstö on kuntayhtymän palveluksessa.
Toiminnan tuloksellisuutta arvioi yhtymäkokouksen valitsema tarkastuslautakunta.
Kaikille jäsenkuntien valtuutetuille järjestetään vuosittain Seutuforum ajankohtaisten seutukysymysten käsittelyyn.
